Vidíme to taky...

Vidíme to taky - když jsme po dobu jednoho roku monitorovali výskyt a šíření bakteriálních klonů gramnegativních tyčinek v intenzivní péči naší fakultní nemocnice, u jednoho pacienta jsme zaznamenali geneticky stejný ESBL-pozitivní klon K. pneumoniae při jeho pobytu na různých odděleních (s přestávkami domácí péče) v době od 20. května 2022 až do 21. listopadu téhož roku. Později ve sledovaném období již v intenzivní péči hospitalizován nebyl, zda byl kolonizován stejným klonem před první detekcí a po poslední detekci, to nevíme, ale ESBL+ K. pneumoniae u něj byla podle laboratorních záznamů poprvé detekována 13.2.2017 a zatím naposledy minulý týden 6. února 2024.

Na základě prostorových a časových souvislostí s pobytem pacientů u kterých byl tento klon detekován nově, odhadujeme, že klon od tohoto dlouhodobě kolonizovaného pacienta se v průběhu námi typizací sledované doby (20.5.-21.10.2022) rozšířil na tři další pacienty v intenzivní péči, tj. v přepočtu na počet dnů hospitalizace (bylo jich 106) přibližně jednou za měsíc. Vzhledem k tomu, že se periodicky vrací do péče od roku 2017 dodnes je z toho mj. i zřejmé, že trend stoupající prevalence ESBL+ gramnegativních bakterií v intenzivní péči nelze zvládnout jen přísnou antibiotickou politikou...

Studie nově publikovaná v Nature Communications (plný text zde) je mnohem obsáhlejší, kvalitnější a působivější než naše krátké (jednoroční) sledování. Ve formě stručné zprávy na ni upozornil Healthcare Hygiene Magazine (plný text zde). Kolektiv kliniků a epidemiologů ze švýcarské Basileje ve spolupráci s informatiky z Lausanne a Curychu dokázal v průběhu 10 let shromáždit a celogenomovým sekvenováním analyzovat 360 ESBL-pozitivních izolátů klebsiel a coli. U většiny pacientů byla zjištěna kolonizace pouze jedním klonem. Z toho ve všech případech kolonizace K. pneumoniae a v 84% u E. coli šlo o dlouhodobě přetrvávající nosičství. V případě K. pneumoniae byla průměrná doba prokázaného nosičství (mezi první a poslední detekcí) 445 dní, u E. coli 456 dní. Pro delší kolonizaci byl zjištěn jen jeden predispoziční faktor, a to snížená imunokompetence.

Obrázek, který jsem z článku vybral, zobrazuje další zajímavý fakt zjištěný ve studii. Kmeny se samozřejmě v průběhu kolonizace pacienta v čase vyvíjejí, rychlost vývoje lze "měřit" počtem jednonukleotidových změn v genomu (SNPs, single nucleotide differences) v závislosti na čase. A křivky počtu změn u klebsiel (viz obrázek) ukazují, že vývoj probíhá rychleji po prvotní kolonizaci pacienta a pak se zpomaluje (křivky se oplošťují). Znamená to, že konkrétní kmen projde mikroevolucí ve které se relativně rychle přizpůsobí konkrétnímu pacientovi a pak už si jen užívá jeho pohostinnosti a čeká na možnost kolonizace další země zaslíbené...