VÍTĚZ DNE - pondělí na ESCMIDu

Dnes to bude pro užší publikum - technické a hlavně pro mikrobiology v nemocničních diagnostických laboratořích. DRAIGON Project jsem poznal vloni na podzim na kursu v Groningenu. Jeho cílem je zpřístupnit rutinním laboratořím výhody rychlé diagnostiky založené na sekvenování metagenomu z klinického vzorku, a zvýšit spolehlivost predikce citlivosti k antimikrobním látkám z celogenomových dat.

Pokud jste v tomto tématu zatím noví, zjednodušeně řečeno - když se to naučíte dělat, můžete už dnes izolovat DNA přímo z klinického vzorku, připravit si knihovnu pro sekvenování na některém ze systémů Oxford Nanopore Technologies (ten nejjednodušší je udělátko, které připojíte k notebooku), spustit sekvenování a za krátkou dobu získáte v akceptovatelné kvalitě genomy ze vzorku, proženete je přes webové rozhraní softwarem, který firma poskytuje zákazníkům zdarma, a vidíte který patogen (nebo patogeny) ve vzorku jsou a jaké geny rezistence mají.

Teď určitě většina z Vás namítne, jakou to má výhodu oproti PCR panelům, které to mohou zvládnout i rychleji. Vtip je právě v tom, že panely mohou pokrýt jen určitý výběr patogenů, které lze v konkrétním typu klinického vzorku očekávat. Nedokážu teď z hlavy citovat a jsem líný to hledat, ale konkrétní studie ukazují, jaké procento patogenů nedokážeme PCR panely zachytit.

Ano, zachytíme je kultivací... pokud to ale nejsou viry nebo bakterie vyžadující specifická média...

A po zdlouhavém nudném úvodu se konečně dostávám k hlavnímu problému celogenomového sekvenování z klinického vzorku.

Ten je v tom, že na extrakci DNA je dost automatů, ale u přípravy knihovny potřebujete přece jenom expertízu, nemohou se na tom střídat zběžně zaškolené laborantky. A zpracování urgentních vzorků pak záleží na jednom člověku - dobře, kvůli zastupování seženete dva, ale mimo velká centra to může být problém.

A TEĎ SE KONEČNĚ DOSTÁVÁM K VÍTĚZI DNE - DRAIGON vyvinul jednoduchý (aby nebyl moc drahý) automat na extrakci DNA a přípravu knihovny na jednom čipu. Přímo do přístroje se umístí také flow-cela od Oxford Nanopore a připojí se USB disk pro výsledky sekvenování... 

Ano, vyžaduje to manuální pipetování na začátku, ale žádná věda, je to zvládnutelné laborantkou. Prototyp je na obrázku. Není ještě na trhu, musí projít certifikací.

Má nějaké vady? Bohužel ano - po skočení přípravy knihovny je potřeba výsledek opět ručně nanést na flow-celu. Kdo zná technologii Nanoporu tak ví, že je to trochu "tricky", i to se ale laborantky naučí. Ale ouha - proces trvá 6-8 hod., takže jsme u staré bolesti - pokud u nás v 16 hod. všichni odejdou z práce...

Ale to už je jiný příběh, tenhle vývoj jde v každém případě správným směrem. Díky moc DRAIGON Project